Về nguyên nhân của việc 58 bài thi trắc nghiệm bị điểm 0 được phát hiện, ông Sái Công Hồng - , Phó Cục trưởng Cục Quản lý chất lượng, Bộ GD- ĐT cho biết là do thí sinh tô sai mã đề, tô nhầm số báo danh và tô mờ đáp án.
Sau khi tìm đủ các bài thi cần sửa nâng điểm, ba người này mang về nhà Đặng Hữu Thủy ở đường Chu Văn Thịnh, TP Sơn La. Tại đây, họ căn cứ theo đáp án của Bộ GD-ĐT để tẩy xóa các câu trả lời sai, dùng bút chì tô vào đáp án đúng để đạt vừa đủ số điểm cần nâng như "đặt hàng".